Święty Jan Boży Szybko Jan przekonał się, że sam niewiele zdziała. Za użebrane pieniądze zakupił własny dom, w którym mógł postawić 47 łóżek. W miarę napływu ofiar powiększał szpital i lepiej go zaopatrywał, by chorzy mieli jak największe wygody. Sam każdego dnia odwiedzał swoich podopiecznych, chorych i ubogich, przewiązywał ich rany, pocieszał, leczył. Nie mniejszą troskliwość okazywał o potrzeby duchowe swoich podopiecznych, zapraszając kapłanów w każdą niedzielę ze Mszą świętą i kazaniem, a nawet z codzienną Komunią świętą. W ciągu dnia przewidział czas na wspólne modlitwy - poranne i wieczorne. Dla uniknięcia zarazy podzielił swój szpital na sektory. Za poradą św. Jana z Avili w szpitalu leczyli się wyłącznie mężczyźni. Na parterze były miejsca przeznaczone dla bezdomnych i ubogich wędrowców.
Troska o leki, bieliznę, bandaże, łóżka, opłata służby i wyżywienie całej załogi wymagało od Świętego heroicznego poświęcenia. Codziennie udawał się na miasto i na umówionym placu zbierał żywność i ofiary pieniężne. Najczęściej one nie wystarczały. Wtedy udawał się do domów możnych, błagając o pomoc tymi znamiennymi słowy: "Pomóżcie sobie, wspomagając ubogich i chorych, bowiem błogosławieni miłosierni, albowiem oni miłosierdzia dostąpią". Kiedy wyczerpał już wszystkie środki i zadłużył się, udał się do miasta Valladolid, gdzie był wtedy dwór królewski. Nie zawiódł się, dostał szczodry zasiłek od najprzedniejszych pań i panów dworu.
W swojej żarliwości apostolskiej nie zapomniał o kobietach. Zajął się losem kobiet upadłych. Nawiedzał je osobiście i błagał o zmianę życia. Starał się o uczciwe zabezpieczenie ich losu, by nie musiały utrzymywać się z nierządu. Staruszki i samotne wdowy polecał poszczególnym rodzinom pod opiekę. Niemniej czuły był na los sierot, których wówczas nie brakowało, powierzając je rodzinom, które zapewniały im pewny los.
Jan wiedział jednak, że ciężaru, który na siebie nałożył, sam nie udźwignie. Nadto trapiła go troska o przyszłość dzieła. Zebrał więc koło siebie gromadkę podobnych szaleńców Bożych i tak założył nową rodzinę zakonną dla obsługi chorych i opuszczonych. Tak powstał zakon Braci Miłosierdzia, zwany u nas bonifratrami. Założycielowi zaś nadał miejscowy arcybiskup przydomek "Jana Bożego" i takim go znamy.
Zmarł na klęczkach 8 marca 1550 r. w wieku 55 lat. W poczet błogosławionych zaliczył Jana papież Urban VIII w 1630 roku, a papież Aleksander VIII wpisał jego imię do katalogu świętych (1690). Papież Leon XIII ogłosił św. Jana Bożego wraz ze św. Kamilem de Lellis patronem szpitali i chorych (1886). Papież Pius XI wyznaczył go na patrona pielęgniarzy i służby zdrowia. Relikwie Świętego znajdują się w kościele zakonu w Grenadzie. Jest ponadto patronem Grenady i księgarzy.