Innocenty III miał dziwny sen: łachmaniarz podtrzymuje i naprawia walące się mury „matki kościołów” – bazyliki laterańskiej. Nazajutrz ów łachmaniarz o imieniu Franciszek stanął przed papieżem. Prosił o zgodę na powstanie nowego zakonu Braci Mniejszych, którzy żyliby „w całkowitej prostocie”. Wstrząśnięty nocnym widzeniem papież zgodził się. Czy tak wyglądało spotkanie św. Franciszka z papieżem? Według innej relacji papież miał posłać Franciszka do świń, bo uznał, że do nich jest podobniejszy. Jedno jest pewne: Innocenty III pozwolił działać Franciszkowi, który rzeczywiście odbudował Kościół. Tego dnia spotkali się: wielki święty i wielki papież. A początkowo ani jeden, ani drugi nie robili wrażenia, że dokonają czegoś wielkiego.

Drżyjcie urzędnicy
Gdy w 1198 roku zaledwie 37-letniego Lotara z Segni wybrano papieżem, współczesny mu pisarz Walther von der Vogelweide biadolił: „Dopomóż, Panie, swemu chrześcijaństwu”. Nie tylko jemu wydawało się, że Innocenty III (bo takie imię przyjął) jest za młody i za słaby. A jednak szybko się okazało, że nowy papież ma nadzwyczajne zdolności przywódcze i dokładnie wie, czego chce. A chciał wzmocnić Kościół. Najpierw w Państwie Kościelnym. Nie chciał dopuścić, żeby papież był poddany świeckiemu władcy, bo wtedy Kościołem rządziłby w rzeczywistości władca. Dlatego większość cesarskich urzędników musiało się pożegnać ze stanowiskami. Na ich miejsce przyszli ludzie papieża. Wkrótce ustanowiony przez niemieckiego cesarza Henryka VI prefekt Rzymu złożył papieżowi przysięgę na wierność. Podobnie działo się w sąsiednich księstwach, które wcześniej zagarnął cesarz. Władcy, widząc, że od papieża wiele zależy, zaczęli mu ustępować również w sprawach politycznych. Dzięki temu Państwo Kościelne powróciło do wcześniejszych granic, a nawet się powiększyło. Przychylność papieża mogła zdecydować o wyborze cesarzy i królów, rzucona klątwa mogła pozbawić ich tronu.

Papież jak słońce
„Podobnie jak Bóg, Stwórca wszechświata uczynił na firmamencie niebieskim dwa wielkie światła: światło większe, aby rządziło dniem, i światło mniejsze, aby rządziło nocą, tak dla umocnienia powszechnego Kościoła (...) ustanowił dwie wielkie godności, większą, aby rządziła duszami, i mniejszą, która by jako nocą rządziła ciałami: to są powaga papieska i władza królewska” – napisał Innocenty III w bulli. Papiestwo jako Słońce, władza świecka jako Księżyc – nikt wcześniej nie odważył się napisać czegoś takiego, bo władcy nie lubili słyszeć, że świecą „światłem odbitym”. Myliłby się jednak ktoś, kto sądziłby, że Innocenty III był tylko politykiem. Ten wielki papież chętnym okiem patrzył na powstające właśnie zakony żebracze franciszkanów i dominikanów, choć wielu gorszyło się stylem życia. Ewangeliczne ubóstwo kłuło w oczy możnych, zwłaszcza wśród duchowieństwa. Gdy król francuski Filip August odtrącił swoją żonę, żeby ożenić się z inną, papież stanął w obronie świętości małżeństwa. Nałożył nawet interdykt na całą Francję. Oznaczało to zakaz sprawowania Mszy i innych obrzędów religijnych w całym kraju. Po kilku latach król powrócił do swej żony.