Jan urodził się 20 grudnia 1576 r. w Skoczowie. Miał trzech braci: Wacława, Pawła i Mikołaja. Był z nich najmłodszy. Ochrzczony został w Skoczowie. Kiedy Jan miał 12 lat, stracił ojca (1589) i cały trud utrzymania rodziny spadł na matkę. Rodzina przeniosła się do Przybora na Morawach. Jan uczęszczał tam do katolickiej szkoły parafialnej, skąd udał się do jezuickiego kolegium w Ołomuńcu (1593). Następnie na a-kademii w Ołomuńcu rozpoczął studia filozoficzne, by je kontynuować na uniwersytecie w Pradze. Uwieńczył uniwersytet stopniem doktora (1603). W latach 1604-1608 odbył studia teologiczne z wyraźnym zamiarem poświęcenia się na służbę Bożą, w Grazu, uwieńczone również stopniem doktora. W roku 1607 przyjął święcenia kapłańskie niższe, a w roku 1609 otrzymał prezbiterat. Miał wówczas 33 lata. Podjął pracę jako wikariusz.
Biskup przeznaczył młodego kapłana na wikariusza do Jaktaru, koło Orawy. Następnie powierzono mu podobne stanowisko w Uszczowie, gdzie został aresztowany pod zarzutem udzielania bratu, Mikołajowi, pomocy w jego ucieczce z więzienia. W więzieniu w Kromieryżu Jan spędził 8 miesięcy. Po uwolnieniu z więzienia Jan wędrował po różnych parafiach jako wikariusz, wreszcie w roku 1616 został mianowany proboszczem w Holeszowie, oddalonym 10 km od Ołomuńca. Wielkorządca Moraw odebrał właśnie kościół parafialny husytom i jako katolik oddał go jezuitom. Ci zaproponowali na proboszcza św. Jana Sarkandra. Znany był on już bowiem wtedy jako niezłomny obrońca wiary. Gorliwy proboszcz z pomocą nie mniej gorliwych jezuitów zabrał się do odzyskania utraconych owieczek. W ciągu jednego roku zdołał przywrócić Kościołowi katolickiemu 250 innowierców. To ściągnęło na niego prześladowania ze strony husytów i protestantów. Doszło do tego, że urządzano na niego zamachy. Przez pewien czas nie mógł nawet odprawiać Mszy świętej, ale musiał się ukrywać.
Kiedy w 1618 r. wybuchła wojna trzydziestoletnia, przynaglony przez swoich parafian, opuścił Holeszów. Jako pielgrzym udał się do Częstochowy. Spędził tam miesiąc. Kiedy wracał, w Rybniku dowiedział się, że luteranie zajęli kościół w Holeszowie. Udał się przeto do Krakowa, gdzie zamieszkał w jednym z klasztorów. Ponieważ nie przyjęto jego rezygnacji z urzędu proboszcza, wrócił na swoją placówkę.
W 1620 r. uchronił miasto przed grabieżą i spaleniem, wychodząc procesjonalnie naprzeciw nadciągającym wojskom lisowczyków. Posądzony przez protestantów o ich sprowadzenie, 13 lutego 1620 r. został aresztowany, uwięziony i okrutnie torturowany. Wśród obelżywych słów usiłowano wymusić na proboszczu przyznanie się do zdrady stanu i narodu przez sprowadzenie najeźdźców. Chciano w ten sposób ukuć powód do powszechnego prześladowania katolików. Kiedy zaś kapłan nie chciał się przyznać do winy, której nie popełnił, zastosowano tortury. Wyciągnięto go "na skrzypcach", tak że pękały na nim ścięgna i wychodziły kości ze stawów. Potem zaczęto mu piersi palić zapalonymi pochodniami. Po czwartym przesłuchaniu (17 II) zarzucono mu wprost, że u niego spowiadał się wielkorządca Moraw, dlatego musi powiedzieć, jakie mu on tajemnice zwierzył. Ponieważ męczennik stanowczo odmówił, ponownie zaczęto rozciągać jego ciało, przypalać ogniem, głowę ściskać żelazną obręczą, do nóg przywiązywać kamień, by mięśnie i ścięgna naciągnąć aż do zerwania. Co pewien czas zdejmowano ofiarę i grożono nowymi katuszami, byle zmusić ją do obciążających zeznań. Tortury te trwały 3 godziny. Kiedy odniesiono kapłana do więzienia, był to już na pół żywy trup. Jan miał jednak zdumiewająco odporny organizm. W więzieniu męczył się jeszcze miesiąc; oddał Bogu ducha 17 marca 1620 roku.
Dopiero po 7 dniach udało się katolikom wydobyć ciało Męczennika z więzienia. Ubrano je w szaty liturgiczne i urządzono pogrzeb. Protestanci jednak rozbili pochód. Dopiero po długich zabiegach udało się uzyskać zezwolenie na pochowanie św. Sarkandra w kościele NMP w Ołomuńcu, w kaplicy św. Wawrzyńca. Do miejsca grobu zaczęły napływać pielgrzymki. Po upływie 100 lat kardynał Wolfgang Schrattenbach rozpoczął proces kanoniczny ks. Jana. Jego ciało znaleziono wówczas w takim samym stanie, w jakim zostało pochowane. Grób Męczennika nawiedzili m.in.: król polski, Jan III Sobieski, cesarz Karol VI i Franciszek I oraz cesarzowa Maria Teresa. Z chwilą rozpoczęcia procesu kościelnego przy grobie Męczennika było już ok. 1200 złożonych wot. Papież Pius IX zaliczył Jana Sarkandra w poczet błogosławionych w roku 1859. Jan Paweł II kanonizował Jana Sarkandra 22 maja 1995 r. w rodzinnej miejscowości świętego - w Skoczowie.