Mamy jeszcze jedną kronikę, napisaną przez bł. Wincentego Kadłubka, który był uprzednio biskupem krakowskim - a więc miał dostęp do źródeł bezpośrednich, których my dziś nie posiadamy. Według jego relacji sprawy miały przedstawiać się w sposób następujący: "Bolesław był prawie zawsze w kraju nieobecny, gdyż nieustannie brał udział w zbrojnych wyprawach. Historia to potwierdza faktycznie. I tak zaraz na początku swoich rządów (1058) udaje się do Czech, gdzie ponosi klęskę. Z kolei dwa razy wyrusza na Węgry, aby poprzeć króla Belę I przeciwko Niemcom (1060 i 1063). W roku 1069 wyruszył do Kijowa, aby tam poprzeć księcia Izasława, swojego krewnego, w zatargu z jego braćmi. W latach 1070-1072 widzimy znowu króla Bolesława w Czechach. Podobnie w latach 1075-1076. Po śmierci Beli I w roku 1077 Bolesław wprowadza na tron węgierski jego brata, św. Władysława. Wreszcie wyprawa druga do Kijowa (1077) przypieczętowała wszystko". Wincenty Kadłubek pisze, że te wyprawy były powodem, że w kraju szerzył się rozbój i wiarołomstwo żon, a przez to rozbicie małżeństw i zamęt. Kiedy podczas ostatniej wyprawy na Ruś rycerze błagali króla, aby powracał do kraju, ten w najlepsze całymi tygodniami się bawił. Wtedy rycerze zaczęli go potajemnie opuszczać. Kiedy Bolesław wrócił do kraju, zaczął się okrutnie na nich mścić. Fakt targnięcia się na św. Stanisława w kościele, w czasie odprawiania Mszy świętej, świadczy najlepiej o tym, jak nieopanowany był jego tyrański charakter. Wincenty Kadłubek przytacza ponadto, że Bolesław nakazywał wiarołomnym żonom karmić piersiami swymi szczenięta.
Kiedy król szalał, aby opór złamać, jeden tylko Stanisław miał odwagę według kroniki Kadłubka upomnieć króla. Kiedy zaś ten nic sobie z upomnienia nie czynił i dalej szalał, biskup rzucił na niego klątwę, czyli wyłączył króla ze społeczności Kościoła, a przez to samo zwolnił od posłuszeństwa poddanych. To zapewne Gall nazywa buntem i zdradą. Ze strony Stanisława był to akt niezwykłej odwagi pasterza, ujmującego się za swoją owczarnią, chociaż zdawał sobie sprawę z konsekwencji, jakie go mogą za to spotkać.
Męczeństwo św. Stanisława Autorytet Stanisława musiał być w Polsce ogromny, skoro według podania nawet najbliżsi stronnicy króla Bolesława nie śmieli targnąć się na jego życie. Król miał to uczynić sam. 11 kwietnia 1079 roku udał się Bolesław na Skałkę i w czasie Mszy świętej zarąbał biskupa uderzeniem w głowę. Potem kazał jego ciało poćwiartować. Zwyczajem ówczesnym bowiem ciało skazańca niszczono. Duchowni ze czcią pochowali je w kościele św. Michała na Skałce. Fakt ten jest dowodem czci, jakiej wtedy męczennik zażywał. Czaszka Stanisława posiada wszystkie zęby. To by świadczyło, że biskup zginął w pełni sił męskich. Mógł mieć ok. 40 lat. Na czaszce widać ślady 7 uderzeń ostrego żelaza, co potwierdza rodzaj śmierci, przekazany przez tradycję. Największe cięcie ma 45 mm długości i ok. 6 mm głębokości. Stanisław został uderzony z tyłu czaszki.
Na wiadomość o dokonanym mordzie w tak ohydny sposób na biskupie, przy ołtarzu, w czasie sprawowania Najświętszej Ofiary, cały naród stanął przeciwko królowi. Opuszczony przez wszystkich musiał iść na banicję. Bolesław Śmiały usiłował jeszcze szukać dla siebie poparcia na Węgrzech u św. Władysława. Ten mu jednak odmówił. Zmarł tamże zapewne w 1081 roku. Istnieje podanie, że dwa ostatnie lata spędził król na ostrej pokucie w klasztorze benedyktyńskim w Osjaku (Jugosławia), gdzie też miał być pochowany.
W 1088 roku dokonano przeniesienia relikwii św. Stanisława do katedry krakowskiej. Kadłubek przytacza legendę, że ciała strzegły orły, i o zrośnięciu się cudownym porąbanych części ciała.
Kroki wstępne do kanonizacji św. Stanisława rozpoczął już św. Grzegorz VII. Sam jednak papież musiał wkrótce opuścić Rzym i iść na dobrowolną banicję. Potem Polska została podzielona na dzielnice (1138). Tak więc chociaż kult św. Stanisława istniał od dawna, to jednak jego kanonizacją zajął się formalnie dopiero biskup krakowski, Iwo Odroważ w 1229 r. On to polecił dominikaninowi Wincentemu z Kielc, aby napisał żywot Stanisława. Tego bowiem przede wszystkim żądał Rzym do kanonizacji. Sam biskup, bawiąc w Rzymie, gdzie starał się o wznowienie metropolii krakowskiej, poczynił pierwsze starania w sprawie kanonizacji Stanisława.
Nie mniej energicznie sprawą kanonizacji zajął się biskup krakowski, Prandota. Zaprowadzono wówczas księgę cudów. W roku 1250 papież Innocenty IV wyznaczył do przeprowadzenia procesu specjalną komisję. Wynikiem jej pracy był sporządzony protokół, z którym w roku 1251 zostali wysłani do Rzymu mistrz Jakub ze Skarszewa, doktor dekretów, i mistrz Gerard, w towarzystwie franciszkanów i dominikanów. Wyniki komisji nie zadowoliły papieża. Wysłał do Polski franciszkanina, Jakuba z Velletri, aby ponownie zbadał księgę cudów i sprawdził, czy Świętemu cześć była oddawana nieprzerwanie. Po dokonaniu rewizji procesu w roku 1253 wyruszyło do Rzymu nowe poselstwo, do którego dołączono świadków cudów, zdziałanych za przyczyną św. Stanisława. Z nieznanych nam bliżej przyczyn stanowczy opór postawił kardynał Jan Gaetani, późniejszy papież Aleksander IV (1254-1261). Właśnie od procesu Stanisława wprowadzona została praktyka "adwokata diabła", którego zadaniem było wyciąganie na jaw wszystkich niejasności i zarzutów przeciw kanonizacji.
Opór kardynała ostatecznie przełamano i dnia 17 września 1253 roku w kościele św. Franciszka z Asyżu papież Innocenty IV dokonał kanonizacji. Na ręce dostojników Kościoła w Polsce papież wręczył bullę kanonizacyjną. Wracających z Italii posłów Kraków powitał uroczystą procesją ze wszystkich kościołów. Na następny rok biskup Prandota wyznaczył uroczystość podniesienia relikwii Stanisława i ogłoszenia jego kanonizacji w Polsce. Uroczystość odbyła się dnia 8 maja 1254 roku. Stąd liturgiczny obchód ku czci Stanisława w Polsce przypada właśnie na 8 maja (w Kościele powszechnym na 11 kwietnia - dzień męczeńskiej śmierci).
Św. Stanisław jest głównym patronem Polski (obok NMP Królowej Polski i św. Wojciecha, biskupa i męczennika); ponadto także archidiecezji gdańskiej, gnieźnieńskiej, krakowskiej, poznańskiej i warszawskiej oraz diecezji: chełmińskiej, lubelskiej, płockiej, sandomierskiej i tarnowskiej. Jan Paweł II nazwał go "patronem chrześcijańskiego ładu moralnego". W ciągu wieków przywoływano legendę o zrośnięciu się rozsieczonego ciała św. Stanisława. Kult Świętego odegrał w XIII i XIV wieku ważną rolę historyczną jako czynnik kształtowania się myśli o zjednoczeniu Polski. Wierzono, że w ten sam sposób - jak ciało św. Stanisława - połączy się i zjednoczy podzielone wówczas na księstwa dzielnicowe Królestwo Polskie.