Jan urodził się 23 czerwca 1390 r. w Kętach (ok. 30 km od Oświęcimia). W dokumentach podpisywał się najczęściej (znamy 60 jego podpisów) po łacinie jako Jan z Kęt (Johannes de Kanti, Johannes de Kanty, Johannes Kanti i Joannes Canthy). Po ukończeniu szkoły w Kętach, która musiała stać na wysokim poziomie, zapisał się w 1413 r. na Uniwersytet Jagielloński. W roku 1414 w Krakowie przyjął święcenia kapłańskie. W ciągu dalszych lat pilnych studiów jako student i kapłan doszedł w 1415 r. do stopnia bakałarza nauk wyzwolonych, a w 3 lata później - do stopnia magistra filozofii. Objął wówczas funkcję wykładowcy. Stanowisko to było wówczas bezpłatne. Dlatego na swoje utrzymanie Jan zarabiał prywatnymi lekcjami i pomocą duszpasterską jako kapłan.
W 1421 r. na prośbę bożogrobowców z Miechowa Akademia Krakowska wysłała Jana Kantego w charakterze kierownika do tamtejszej szkoły klasztornej. Spędził tam osiem lat (1421-1429). Zadaniem szkoły było przede wszystkim kształcenie kleryków zakonnych. Wolny czas Jan spędzał na przepisywaniu rękopisów, które były mu potrzebne do wykładów. Jan Kanty pełnił równocześnie przy kościele klasztornym obowiązek kaznodziei. Musiał również interesować się w pewnej mierze muzyką, gdyż odnaleziono drobne fragmenty zapisów pieśni dwugłosowych, skreślonych jego ręką.
W roku 1429 zwolniło się miejsce w jednym z kolegiów. Przyjaciele na Akademii Krakowskiej natychmiast zawiadomili o tym Jana i sprowadzili go do Krakowa. Kolegium dawało pewną stabilizację - zapewniało bowiem utrzymanie i mieszkanie. Profesorowie w kolegiach mieszkali razem i wiedli życie na wzór zakonny. W początkach Uniwersytetu tych kolegiów było niewiele i były bardzo szczupłe. Dlatego nie łatwo było w nich o miejsce.
Gdy tylko Jan wrócił do Krakowa, objął wykłady na wydziale filozoficznym. Równocześnie jednak zaczął studiować teologię. Jednocześnie jako profesor wykładał traktaty, które przypadły mu - ówczesnym zwyczajem - przez losowanie. Z nielicznych zapisków wiemy, że komentował logikę, potem fizykę i ekonomię Arystotelesa. Na tym wydziale piastował także urząd dziekański w półroczach zimowych: 1432/1433, 1437/1438 oraz w półroczu letnim 1438. Od roku 1434 sprawował także urząd rektora Kolegium Większego.
W roku 1439 zdobył tytuł bakałarza z teologii. Pod kierunkiem swojego mistrza studiował Pismo święte, potem cztery księgi Piotra Lombarda, wreszcie teologię ścisłą. Co pewien czas trzeba było zdawać egzaminy, brać udział w dysputach, mówić kazania i prowadzić ćwiczenia. Ponieważ Jan był równocześnie profesorem filozofii, dziekanem i rektorem Kolegium Większego, nie dziw, że jego studia teologiczne wydłużyły się aż do 13 lat. Dopiero w roku 1443 uzyskał tytuł magistra teologii, który był wówczas jednoznaczny z doktoratem.
W roku 1439 został kanonikiem i kantorem kapituły św. Floriana w Krakowie oraz proboszczem w Olkuszu. To jednak było zbyt wiele. Po kilku miesiącach zrzekł się kanonii i probostwa w Olkuszu. Sam fakt, że został wybrany na kantora, świadczy, że musiał znać się na muzyce. Urząd ten nakładał bowiem obowiązek opieki nad muzyką i śpiewem liturgicznym.
Po uzyskaniu stopnia magistra (mistrza) teologii w roku 1443 Jan Kanty poświęcił się do końca życia wykładom z tej dziedziny. Pośród tych rozlicznych zajęć Jan znajdował jeszcze czas na przepisywanie manuskryptów. Jego rękopisy liczą łącznie ponad 18 000 stron. Biblioteka Jagiellońska przechowuje je w 15 grubych tomach. Własnoręcznie przepisał 26 kodeksów. Zapewne sprzedawał je nie tyle na swoje utrzymanie, gdyż miał je wystarczające, ile raczej na dzieła miłosierdzia i na pielgrzymki. Jest rzeczą pewną, że w roku 1450 udał się do Rzymu, aby uczestniczyć w roku świętym i uzyskać odpust jubileuszowy. Prawdopodobnie do Rzymu pielgrzymował więcej razy, aby w ten sposób okazać swoje przywiązanie do Kościoła i uzyskać odpusty. Był człowiekiem żywej wiary i głębokiej pobożności. Słynął z wielkiego miłosierdzia. Nie mogąc zaradzić nędzy, wyzbył się nawet własnego odzienia i obuwia.
Pomimo bardzo pracowitego i pokutnego życia, jakie Jan prowadził, dożył 83 lat. Zmarł w Krakowie 24 grudnia 1473 r. Istniało tak powszechne przekonanie o jego świętości, że od razu pochowano go w kościele św. Anny pod amboną. W 1621 r. synod biskupów w Piotrkowie wniósł prośbę do Stolicy Apostolskiej o rozpoczęcie procesu kanonicznego. Prace przygotowawcze rozpoczęto w roku 1628. W roku 1625 napisano życiorys Jana. Dla kanonizacji przygotowano jeszcze jeden żywot, według schematu przysłanego kwestionariusza. Beatyfikacja nastąpiła 27 września 1680 r. Dokonał jej papież bł. Innocenty XI. Kanonizacji - łącznie ze św. Józefem Kalasantym - dokonał Klemens XIII 16 lipca 1767 r.
Kult św. Jana Kantego jest do dnia dzisiejszego żywy. Jest on bowiem czczony przede wszystkim jako patron uczącej się i studiującej młodzieży. Poświęcił jej przecież prawie całe swoje życie, aż 55 lat profesury. Jest także patronem Polski, archidiecezji krakowskiej i Krakowa; profesorów, szkół katolickich i "Caritasu".