Ojciec Pio był wyjątkowym spowiednikiem. Ponieważ szczerze kochał Boga i nienawidził grzechu. Nie zgadzał się na żadne usprawiedliwianie postępowania przeciw Bogu. Mówił, że spowiedź to lek, który rodzi pokorę i uświęca człowieka. Jeśli u spowiadającego wyczuł nieszczerość, był bardzo surowy. Kiedyś nawet 12-letniej dziewczynki nie chciał wyspowiadać. Gdy przerażeni rodzice zapytali dlaczego, ojciec Pio zwrócił się zdecydowanym głosem do dziewczynki: „Prawie nigdy nie chodzisz w niedzielę na Mszę św.; zaniedbujesz katechizm. Gdybym cię spowiadał, powiedziałabyś mi jakieś mało ważne rzeczy, a w sprawach ważnych nadal byś grzeszyła”. A jednak przez 50 lat przyciągał do San Giovanni Rotondo niezliczone tłumy, nie tylko wierzących. „To nie ja nawracam, tylko Ten, który jest we mnie i nade mną” – powiedział, kiedy go pytano, jak to robi, że nawraca tyle dusz do Boga. – Spowiedź – powtarzał często – to coś więcej niż tylko wyznanie grzechów. Dobrze przeżyta spowiedź to uwolnienie od wszelkich wpływów zła, to możliwość zobaczenia siebie, swojej duszy, jakby w zwierciadle, którym jest nasz Pan. Dlatego warto zapamiętać rady, które zostawił.